🧬 PCR/qPCR体系配置计算

反转录体系 · qPCR体系 · 引物计算 · 实验流程指导

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反转录(RT)体系配置

📌 方法一:两步法
  • 先去除gDNA,再进行反转录
  • 适用于RNA中gDNA残留过多或对去除效果要求更高的情况
  • 体系1:10μl去除gDNA → 20μl反转录
  • 体系2:16μl去除gDNA → 20μl反转录(适用于RNA浓度较低时)

步骤1:去除gDNA

步骤2:反转录反应

总反应体系
20 μl/样
💡 说明:
  • 5X Evo M-MLV RT Reaction Mix:4 μl/样
  • 体系1需补加RNase free water:6 μl/样
  • 体系2无需补加水

🧪 反转录体系配制结果

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qPCR体系配置

📌 qPCR体系说明(以20μl体系为例):
  • 2X SYBR Green Pro Taq HS Premix:10 μl/孔(终浓度1X)
  • cDNA模板:建议不超过反应总体积的10%
  • 引物F/R:各0.4 μl/孔(终浓度0.2 μM)
  • RNase free water:补足至20 μl

🔬 qPCR体系配制结果

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反转录反应流程

反应程序

步骤 温度 时间 循环数
去除gDNA 42℃ 2 min 1
保持 4℃ Hold -
反转录 37℃ 15 min 1
酶失活 85℃ 5 sec 1
保持 4℃ Hold -
💡 注意事项:
  • 去除gDNA后,取出产物置于冰上,待反转录预混液配制完成后立即加入
  • 反应产物立即用于qPCR可暂放4℃或冰上
  • 短期保存建议-20℃,长期保存建议-80℃
  • cDNA不建议使用Nanodrop测定浓度(残留物质会影响准确性)
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qPCR扩增流程

两步法扩增程序

步骤 温度 时间 循环数
预变性 95℃ 30 sec 1
变性 95℃ 5 sec 40
退火/延伸
(荧光采集)
60℃ 30 sec

熔解曲线采集

步骤 温度 时间 采集速率
步骤1 95℃ 15 sec -
步骤2 60℃ 1 min -
步骤3 95℃ 1 sec 0.5℃/sec
📌 程序说明:
  • 预变性:通常30 sec,模板变性困难时可延长至2 min
  • 扩增产物:建议设计在300 bp以下
  • 退火温度:通常60℃,可提高温度增加特异性
  • 三步法:若引物Tm值较低,可采用三步法(95℃变性 → 退火 → 72℃延伸)
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实验注意事项

🧪 RNA质量要求

完整性:防止RNase污染,全程使用RNase-free耗材
纯度:避免盐离子、乙醇、苯酚等抑制物
建议:在无核酸酶水中稀释RNA降低抑制剂浓度

🔬 操作要点

  • 试剂粘性较高,使用前缓慢吹打混匀(避免气泡)
  • 所有反应混合液建议在冰上配制
  • 可先配制成预混液再分装
  • RNA添加建议在专门区域避免交叉污染

📊 引物浓度优化

引物使用建议:
  • 推荐终浓度:0.2 μM
  • 优化范围:0.1 ~ 1.0 μM
  • 工作液浓度:常用10 μM或5 μM
  • 引物计算公式:所需体积 = (终浓度 × 总体系) / 工作液浓度
  • 例如:20μl体系中,10μM引物工作液配制0.2μM终浓度需要 (0.2 × 20) / 10 = 0.4 μl

常见问题 FAQ

Q: 两步法和All in one如何选择?

选择两步法:RNA中gDNA含量很高,或对gDNA去除效果要求很高时。
选择All in one:RNA质量较好(gDNA残留少),或RNA浓度较高、目标基因拷贝数高时。All in one操作更便捷省时。

Q: cDNA可以直接用于qPCR吗?需要稀释吗?

可以直接使用。cDNA原液使用体积不要超过qPCR反应总体积的10%(20μl体系中不超过2μl)。如果荧光信号偏低,可尝试将cDNA原液稀释2~10倍后使用。

Q: 如何判断qPCR扩增效率是否正常?

正常的qPCR扩增效率应在90%~110%之间(对应标准曲线斜率为-3.1~-3.6)。R²值应≥0.99。熔解曲线应呈现单一峰形,表明扩增特异性好。

Q: 为什么需要去除gDNA?

Total RNA中混入的gDNA可直接作为反应模板进行扩增,造成实验结果假阳性。gDNA Clean Reaction Mix可有效去除残留的gDNA,确保定量结果准确。

Q: 反应产物如何保存?

反转录产物:立即使用可放4℃或冰上;短期保存-20℃;长期保存-80℃。
qPCR产物:建议-20℃保存,避免反复冻融。